Keanggotaan PUI bebas diikuti oleh setiap warga muslim di mana pun berada. Dengan demikian, anggota PUI adalah setiap muslim yang menyetujui dan bersedia melaksanakan ketentuan-ketentuan Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga serta ketentuan-ketentuan lain yang ditetapkan PUI.

Keanggotaan merupakan bagian dari persyaratan pembentukkan Struktur Pimpinan PUI:

  1. Pimpinan Komisariat/Dewan Pengurus Komisariat harus memiliki sedikitnya 15 (limabelas) orang Anggota Biasa PUI yang berdomisili di suatu wilayah atau lingkungan di bawah Kelurahan/Desa atau satuan komunitas masyarakat;
  2. Pimpinan Ranting/Dewan Pengurus Ranting harus memiliki sedikitnya 40 (empat puluh) orang anggota di suatu wilayah Kelurahan/Desa, atau memiliki tiga Pimpinan Komisariat/Dewan Pengurus Komisariat;
  3. Pimpinan Cabang/Dewan Pengurus Cabang harus memiliki sedikitnya 120 (seratus dua puluh) orang anggota di suatu wilayah Kecamatan tertentu, atau memiliki tiga Pimpinan Ranting/Dewan Pengurus Ranting;
  4. Pimpinan Daerah harus memiliki sedikitnya 360 (tiga ratus enampuluh) orang anggota di suatu wilayah Kota/Kabupaten tertentu atau memiliki tiga Pimpinan Cabang/Dewan Pengurus Cabang;
  5. Pimpinan Wilayah harus memiliki sedikitnya 1080 (seribu delapan puluh) orang anggota di suatu wilayah Provinsi tertentu atau memiliki tiga Pimpinan Daerah;

DI PUI terdapat empat jenis keanggotaan:

  1. Anggota biasa adalah seseorang yang untuk pertama kalinya mendaftarkan diri dan bersedia memenuhi ketentuan-ketentuan persyaratan sebagai Anggota.
  2. Anggota inti adalah Anggota Biasa yang terdaftar dan sedikitnya selama enam bulan aktif melaksanakan kewajiban-kewajiban sebagai anggota.
  3. Anggota teras adalah Anggota Inti yang terdaftar dan selama sedikitnya dua tahun aktif melaksanakan kewajiban-kewajiban sebagai anggota PUI dan berperan aktif dalam kegiatan-kegiatan pelaksanaan Program PUI, seperti Pelatihan, Musyawarah dan Pengajian PUI.
  4. Anggota kehormatan adalah tokoh-tokoh masyarakat dari berbagai bidang yang diajukan oleh Pengurus karena jasa-jasanya kepada organisasi.

Syarat menjadi anggota PUI cukup mudah:

  1. Mengajukan permintaan tertulis menjadi Anggota kepada Pengurus PUI atau Wanita PUI;
  2. Anggota Pemuda PUI, termasuk Himpunan Mahasiswa (HIMA) dan Himpunan Pelajar (HIJAR) PUI, dapat didaftarkan oleh Pemuda PUI;
  3. Santri, Siswa, Mahasiswa dan Alumni Lembaga Pendidikan PUI dapat didaftarkan langsung oleh Sekolah/Madrasah/ Lembaga yang bersangkutan;
  4. Membayar Uang Pangkal, Iuran Bulanan, serta Iuran lainnya yang ditetapkan;

Untuk menjadi anggota, yang bersangkutan hendaknya engajukan permohonan menjadi anggota PUI dengan mengisi formulir online/offline atau mengirimkan pesan pendek/SMS, atau mengirimkan e-mail dengan format isi dan ke nomor SMS Center dan atau alamat e-mail tertentu.

Selanjutnya, Kartu Tanda Anggota (KTA) akan diberikan kepada calon anggota yang telah mendaftar, sebagai tanda sahnya keanggotaan yang bersangkutan. KTA ini diterbitkan dan diberikan oleh Dewan Pengurus Pusat (DPP) PUI.

Setelah terdaftar, setiap anggota berhak menyampaikan pendapat, lisan maupun tulisan, menghadiri kegiatan umum, memakai/memasang atau mempergunakan tanda pengenal. Selain itu, setiap anggota berhak meminta penjelasan mengenai kebijakan Pimpinan. Setiap Anggota Teras berhak menghadiri rapat-rapat terbuka Pimpinan PUI, atas seizin pimpinan.

Setiap anggota tentu mempunya kewajiban, di antaranya wajib berpartisipasi dalam semua kegiatan PUI sesuai hak dan kedudukannya. Setiap anggota juga wajib tunduk dan taat pada peraturan dan keputusan-keputusan Pimpinan PUI. Setiap anggota diharapkan membangun dan mengembangkan persatuan ummat dan ukhuwwah Islamiyah dalam lingkup internal maupun eksternal PUI. Secara fardiyah (individual) maupun jama’i, setiap anggota wajib membangun dan meningkatkan keilmuan serta komitmen beramaliyah melalui PUI. Setiap anggota wajib turut membangun, memperkuat dan mengembangkan peran dan nama baik PUI. Dan setiap anggota wajib menjaga dirinya dari perbuatan yang melanggar ketentuan syar’i.

Pimpinan PUI dapat mengenakan sanksi pemberhentian sementara (skorsing) kepada Anggota yang diadukan telah melakukan pelanggaran ringan; tidak menunaikan, atau mengabaikan pelaksanaan kewajibannya sebagai anggota.

Pelanggaran anggota yang bersangkutan (Teradu) disampaikan dalam bentuk laporan lisan maupun tulisan oleh Pelapor/Pengadu, internal ataupun eksternal, kepada Dewan Pengurus Daerah PUI melalui atau oleh Dewan Pengurus PUI tempat kejadian perkara.

Sanksi skorsing dapat diberikan oleh Pimpinan serendah-rendahnya Dewan Pengurus Daerah PUI untuk paling lama 6 (enam) bulan dan sebelumnya Anggota yang bersangkutan (Teradu) telah diberi tiga kali Surat Peringatan;

Selama masa skorsing Teradu dapat mengajukan keberatan atau pembelaan dirinya kepada Badan Kehormatan Tingkat Wilayah/Tingkat Banding;
Teradu yang terkena sanksi skorsing dan tidak melalukan pembelaan diri sebagaimana ketentuan huruf d di atas dinyatakan sah mendapat sanksi pemberhentian tetap; dan Teradu yang pembelaannya diterima oleh Badan Kehormatan Tingkat Banding berhak atas rehabilitasi dirinya secara formal/tertulis dari Pimpinan/Pengurus PUI/Pengadu dan Teradu dapat kembali menjadi Anggota PUI sesuai kedudukannya semula.

Pemberhentian tetap dapat dikenakan kepada Anggota yang melakukan perbuatan pelanggaran syar’i atau perbuatan lain yang dapat menodai nama baik Perhimpunan PUI. Namun, prosesnya cukup panjang, mulai dari awal pelaporan adanya pelanggaran hingga jatuhnya sanksi.