Secara rutin, pengurus PUI menjalankan rapat-rapat pimpinan sesuai dengan tingkatan masing-masing. Pada tingkat tertinggi, Rapat Badan Pekerja Majelis Syura diselenggarakan sedikitnya sekali dalam 3 (tiga) bulan, atau sewaktu-waktu sesuai keperluan, dihadiri oleh Anggota-anggota Badan Pekerja Majelis.

Sementara Rapat Pimpinan Pusat diselenggarakan sedikitnya sekali dalam 3 (tiga) bulan, atau sewaktu-waktu sesuai keperluan, dihadiri oleh unsur-unsur Pimpian Pusat.

Dewan Pertimbangan Pusat, Dewan Pertimbangan Wilayah, dan Dewan Pertimbangan Daerah masing-masing menyelenggaran Rapat Pimpinan Harian sedikitnnya sebulan sekali yang dihadiri oleh Ketua-ketua dan Sekretaris, dan Rapat Pleno sedikitnya dua bulan sekali dengan dihadiri oleh Ketua, Sekretaris dan Komisi-komisi.

Dewan Syari’ah Pusat, Dewan Syari’ah Wilayah dan Dewan Syari’ah Daerah masing-masing juga menyelenggarakan Rapat Pimpinan Harian sedikitnya sebulan sekali yang dihadiri oleh Ketua-Ketua dan Sekretaris, dan Rapat Pleno sedikitnya dua bulan sekali yang dihadiri oleh Ketua-ketua, Sekretaris dan anggota Lajnah-lajnah.

Dewan Pakar Pusat dan Dewan Pakar Wilayah masing-masing menyelenggarakan Rapat Pimpinan Harian sedikitnya sebulan sekali yang dihadiri oleh Ketua-Ketua dan Sekretaris, dan Rapat Pleno sedikitnya dua bulan sekali yang dihadiri oleh Ketua-ketua, Sekretaris dan anggota Bidang-bidang.

Dewan Pengurus Pusat, Dewan Pengurus Wilayah, Dewan Pengurus Daerah, Dewan Pengurus Cabang, Dewan Pengurus Ranting dan Dewan Pengurus Komisariat masing-masing menyelenggarakan Rapat Pengurus Harian sedikitnya dua kali dalam sebulan atau sesuai keperluan, dan Rapat Pleno yang dihadiri oleh Pengurus Pleno sedikitnya dua bulan sekali.

Menjelang Rapat Pleno Dewan di masing-masing tingkat Pimpinan, seluruh Aparat Perhimpunan yang menjadi Anggota Pleno Dewan yang bersangkutan terlebih dahulu mengadakan rapat internal Aparat untuk bahan laporan atau bahan pembahasan Rapat Pleno.

Sudah cukup rinci PUI mengatur ketentuan-ketentuannya sampai pada urusan rapat. Mesti begitu, pedoman lebih rinci masih diperlukan untuk dijadikan pegangan bagi seluruh peserta rapat, termasuk di dalamnya memuat kode etik bermusyawarah yang sejalan dengan ajaran Islam.